| 1898年（明治31年） | キリスト教宣教師ウィリアム・C・グレンジャー宣教師により、東京麻布に芝和英聖書学校を開設。 | |
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| 1914年（大正 3年） | 東京府豊多摩郡杉並村（現:杉並区）天沼に移転。日本伝道学校と改称。 | |
| 1919年（大正 8年） | 小学校・中学部・高等部を設置し、天沼学院と改称。 | |
| 1926年（大正15年） | 千葉県君津郡神納村（現袖ヶ浦市）に移転。 日本三育学院と改称。 |
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| 1928年（昭和 3年） | 東京衛生病院看護婦学校（3年課程）を天沼に設立。 | |
| 1943年（昭和18年） | 9月20日、キリスト教信仰のゆえの治安維持法違反の容疑で、特高警察により院長以下主要教員が検挙・連行。女学院も同様。学院業務を停止。 12月26日、千葉県例により学院閉鎖。学院施設は陸軍療養所として接収。 |
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| 1947年（昭和22年） | 1月23日、日本三育学院再開。 | |
| 1953年（昭和28年） | 神学科・教育学科・セクレタリー科を設置。日本三育学院カレッジと改称。 | |
| 1969年（昭和44年） | 北浦三育中学校設立 |
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| 1971年（昭和46年） | シャロンホーム（女子寮） カナンホーム（男子寮）完成 |
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| 1975年（昭和50年） | 北浦三育幼稚園閉園式 | |
| 1977年（昭和52年） | 校舎増築、女子寮新館増築 食堂、旧チャペル新築 新校舎 校歌披露 広島県大和町 広島三育学院中学校・高等学校開校 |
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| 1979年（昭和54年） | 第二グラウンド完成・男子寮増築 | |
| 1984年（昭和59年） | 体育館、テニスコート完成 |
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| 1987年（昭和62年） | 講堂、特別教室校舎新築 チャペル竣工 |
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| 1989年（平成 元年） | 牧師館完成 | |
| 1992年（平成 4年） | 新男子寮竣工 新カナン寮 |
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| 2000年（平成12年） | ニュージーランド海外研修開始 | |
| 2004年（平成16年） | 教職員集合住宅完成 | |
| 2011年（平成23年） | 東日本大震災 女子寮耐震補強工事完了 |
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| 2012年（平成24年） | 震災復旧工事完了 | |
| 2013年（平成25年） | パイプオルガン設置 | |
| 2017年（平成29年） | 法人理事会にて大多喜町への移転統合計画承認 | |
| 2019年（令和元年） | 千葉県での設置認可計画承認 50周年全体同窓会 |
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| 2020年（令和2年） | 千葉県夷隅郡大多喜町に移転 三育学院中学校開校 | |
